천안함이 북의 어뢰공격으로 침몰했다는 이른바 민군합동조사단의 조사결과 발표에 대해서는 공격의 당사자로 지목된 북은 물론이고 국내, 국외에서까지 완전한 날조라거나 과학적이고 객관적인 조사라고 볼 수 없다는 각종 반박과 문제제기가 빗발치고 있다. 그럼에도 불구하고 감사원은 민군합동조사단 발표를 전제로 감사를 진행했다. 감사원이 사안의 본질을 건드리지 않고 지엽말단적인 문제만을 들여다본 것이다. 결국 감사원 감사는 천안함 사건의 전모를 있는 그대로 드러내는 것이 아니라 오히려 진실을 은폐하는 도구로 전락될 가능성이 높은 것이다.
게다가 관련자료 공개 요구 때 군이 전가의 보도처럼 휘둘렀던 ‘군사기밀’이라는 주장을 감사원도 똑같이 되풀이하면서 전모를 밝히지 않고 있다.
또한 감사원은 25명의 관련자에 대한 징계를 요구하면서 군 인사법 등에 따른 징계를 요구했을 뿐 군형법 등에 따른 형사처벌을 요구하지 않았다. 더욱이 이번 사건과 관련하여 가장 핵심적으로 정치적·행정적·법적 책임을 져야할 핵심적인 당사자들인 김태영 국방장관과 김성찬 해군참모총장, 최원일 천안함 함장은 아예 징계대상에서조차 빼버렸다. 이는 수십 명이 생명을 앗아갔을 뿐만 아니라 한반도 정세를 군사적 충돌 국면으로까지 몰아간 사안의 중대성에 비추어 그 수위와 대상에서 솜방망이 징계 요구라는 비난을 피할 수 없는 것이다.
감사원은 TOD동영상이 오후 9시25분38초(실제시간)부터 녹화된 걸 알면서도 오후 9시35분8초(실제시간) 이후의 영상만을 편집해 공개했다고 밝혔다. 그러나 최문순 의원은 합동조사단이 제출한 사고 당일인 3월 26일 오후 7시56분부터 밤 10시16분까지 약 3시간10분 분량의 TOD 동영상을 대면 보고받았다고 밝혔다.
국방부도 4월 7일 국군수도병원 기자회견에서 "(TOD 동영상의) 모든 부분을 보여줄 수 없으니 잘라서 보여드린다"고 설명한 바 있다. 이렇게 볼 때 감사원 감사결과는 가장 중요한 논란 중 하나인 TOD 동영상 녹화시간조차 잘못 파악하고 있음을 드러낸 것이다.